en fin de nuit la pression de sommeil est moins importante, ce qui peut expliquer que votre bébé ait plus de mal à se rendormir après un réveil en fin d'un cycle de sommeil. C'est fréquent et sans conséquences, si comme vous l'avez parfaitement exprimé il ne se prend pas de "mauvaises " habitudes de sommeil à ce moment là. Le seul point à vérifier est que le temps de sieste en journée n'est pas trop long, ce qui pourrait expliquer une moindre pression de sommeil en fin de nuit.
pour l'attitude à adopter je comprend votre crainte de réveiller sa soeur. Essayez quand vous intervenez de ne pas le sortir dans son lit ne le prendre dans vos bras. Expliquez lui que c'est encore la nuit, montrez lui sa soeur qui dort encore, et laissez le retrouver seul son sommeil. Il y aura peut être quelques "ratées" qui vont réveiller l'ainée, mais ça ne durera pas si vous êtes claire sur le message à faire passer.